След двупосочно пътуване от Земята обратно към Лантеа, необяснима смърт се случва на борда на Дедал. Един човек е бил убит, когато разбират че за смърта му е отговорен компютърен вирус на Призраците, който се е качил в компютрите Дедал и взима контрол върху кораба. Д-р МакКей и екипа му трябва да го спрат. По време на срещата в Старгейт, д-р Уиър научава, че Пентагонът планира да замени Шепард с полковник Колдуел.