Vše se zdá jako obrácené vzhůru nohama, což začne tajemným zmizením Sloanea, které přivede Anthonyho Geigera, nového vedoucího SD-6. Jak se Jack Sydney snaží udržet se krok napřed před Geigerem, aby neodhalil jejich tajemství, Will a Francie učiní svůj vlastní šokující objev, když se Francie připravuje na otevření své nové restaurace. Po výsadkové operaci k zajištění něčeho, zvaného Server 47, Sydney objeví klíčovou slabinu, která by mohla zničit celou Alianci. Ale aby dostala své plány do akce, musí říct Dixonovi pravdu o všem, když je Jack zajat, a Dixon se musí rozhodnout odhalit tajné kódy, což umožní CIA rozjet celosvětovou ofenzívu za účelem likvidace všech buněk SD a zničení celé Aliance navždy.