I "Truslen fra Sith Klanen" bruger Count Dooku sin nye og forbedrede Clone-a-Matic til at skabe en hær af JEK-Clones, men den originale Jek-14 vil ikke have noget at gøre med de skumle planer. Nu må vikaren Anakin Skywalker, med hjælp fra nogle gamle venner og to velkendte Droids, lede Yoda’s Padawan-klasse til sejr!