MacGyver und Pete Thornton werden von dem Kommandeur einer Kampfschwimmereinheit gebeten, einige Überfälle auf Yachten zu untersuchen, die nach Meinung der Presse nur von bestens ausgebildeten Kampfschwimmern durchgeführt werden konnten. Beim nächsten Überfall der Piraten werden MacGyver und Thornton aktiv. Das Opfer war Dr. Barbara Ortega, eine junge Meereskundlerin, der man Teile eines alten spanischen Goldschatzes und ein gut erhaltenes Logbuch raubte. Dr. Ortega weiß außerdem, wie man anhand der Daten aus dem Logbuch einen versunkenen Goldschatz finden kann, der mehrere Millionen Dollar wert ist. Die junge Frau wird von den Piraten gekidnappt, damit sie ihnen ihr Wissen preisgibt …