Chaud schickt ProtoMan ins Zentrale Computersystem, um MegaMan wiederherzustellen. Glücklicherweise gelingt dies. Gemeinsam greifen die beiden PharaohMan an und schwächen ihn so, dass Mr. Wily ihn leicht gefangen nehmen kann. Doch PharaohMan will nicht für Sterbliche arbeiten und greift zu verzweifelten Mitteln.