Lans Vater, Dr. Hikari, will eine Brücke von der Cyberwelt in die Realität schlagen, als er plötzlich verschwindet. Das Herzstück des Experiments, der „Dimensionskern“, ist von Viren befallen, die sich in der menschlichen Welt materialisieren. MegaMan und die anderen NetNavis können zunächst nur zuschauen, wie sich Lan und seine Freunde im Kampf abmühen.