In Staffel 2 folgt Lyra Lord Asriel in die geheimnisvolle verlassene Stadt Cittagazze. Dort trifft sie auf Will, einen Jungen aus unserer Welt, der ebenfalls vor einer problematischen Vergangenheit davonläuft. Währenddessen setzt Mrs. Coulter ihre Bemühungen fort, Lyra nach Hause zu bringen.