Weiss y Sydney están en la nueva casa de esta, abriendo cajas y poniéndolo todo en orden. Sydney se lamenta de que Will y Francie, sus mejores amigos, hayan desaparecido del mapa pero Weiss le asegura que no está sola y que sí le quedan amigos. Amigos como él. Weiss le cuenta cómo Vaughn conoció a Lauren, su mujer, y como esta le ayudó de nuevo a ser feliz. Mientras, un par de científicos en la nómina de la CIA son secuestrados por la Coalición. El grupo terrorista pide la liberación de Sark como rescate para que puedan ejecutarlo, según les ha contado Sloane. Lindsey está dispuesto a entregarlo, a pesar de las reservas de Sydney. Dixon le dice a Sydney que hay una terapia especial para agentes en su mismo caso (que parece ser muchos) y ella le dice que quizá acuda, pero aún está aturdida por el paso del tiempo, cuyo agujero de dos años está investigando junto a su padre. En Zúrich, Jack visita a Sloane y este le dice que realmente es una persona cambiada después de que la máquina de Rambaldi, una vez ensamblada, diera una sola respuesta, una palabra: paz. Para ganarse aún más la confianza de Jack, Sloane le ofrece un disco con toda la información que ha reunido sobre la desaparición de Sydney. Jack lo coge y se marcha de la oficina. En el desierto, Sark y Sydney están listos para el intercambio, pero el NSC se interpone, creando confusión, que permite a Sark escapar con la Coalición y dejando a la CIA sin los científicos. De vuelta en Los Angeles, Sydney y Lindsey tienen una fuerte discusión a este respecto. La Coalición habla con Sark y le exigen que les dé una gran suma de dinero del que Sark dispone para financiar sus operaciones y hacerle parte de sus dirigentes. Sark no sabe de qué dinero están hablando así que le explican que es el hijo de un diplomático ruso muy rico y fallecido hace meses, lo cual le convierte en su único heredero. El diplomático es Lazarey, la persona que Sydney asesinó, aunque nadie sabe esta cuestión aún. Sydney comenta a Jack que estos datos son demasiado precisos para ser casuales, así que la Coalición quizá esté detrás del asesinato de Lazarey y de la desaparición de Sydney durante dos años. Ambos estarán atentos a los movimientos de la Coalición y buscarán información sobre Lazarey. De nuevo en misión, Sydney acude a una discoteca para contactar con un traficante de drogas, lo cual les permitirá un acceso al científico secuestrado. Sydney accede a un sótano donde un doctor está torturando al científico y le dispara en defensa propia. Cuando este está muriendo, le susurra que sabía que al final ella le mataría, cumpliendo su palabra. Claramente, este científico sabe algo de Sydney y de su desaparición pero muere al instante y a Syd se le escapa esta importante pista. Entre este fracaso y una infructuosa reunión con su grupo de terapia, Sydney va a ver a Dixon y se derrumba en su despacho, diciendo que todo esto es mucho para ella y que, además, quizá sienta algo aún por Vaughn. Dixon se muestra comprensivo, pero ha de interrumpirla para presentarle a una tercera persona que estaba en la habitación y en la que Sydney no había reparado. La mujer se presenta como Lauren Reed, agregada del NSC. Pero Lauren resulta ser también la esposa de Michael Vaughn.