Jim Gordon se las apañará como cazarrecompensas en Gotham y buscará a Hugo Strange y a Fish Mooney, uno de los sujetos de experimentos de Strange. Mientras tanto, Harvey Bullock y Nathaniel Barnes seguirán al frente de la lucha contra el crimen en la ciudad. Bruce Wayne y el empleado de Industrias Wayne, Lucius Fox, descubrirán que hay más entresijos en el asesinato de sus padres. Con la ciudad hundiéndose en el caos, Gotham seguirá las historias de sus más peligrosos villanos: El Pingüino, Edward Nygma/Enigma, Selina Kyle/Catwoman y Butch Gilzean. Además, la serie seguirá el futuro de Poison Ivy/Hiedra Venenosa quien, tras un encuentro con un monstruo de Indian HIll, renace como una mujer joven con todos sus poderes desatados.