Sam et Callen sont pris au piège dans un sous-marin équipé par des terroristes pour neutraliser un porte-avions nucléaire américain qui se trouve à San Diego. Malgré les consignes très strictes de sa hiérarchie, Hetty met tout en œuvre pour les aider et décide de cesser de faire ses rapports à Washington jusqu'à nouvel ordre. De leur côté, Kensi, Deeks, Beal et Jones doivent localiser le sous-marin avant que la Navy ne donne l'ordre de le détruire.