Le gigantesque vaisseau Andromeda Ascendant est un navire, pourvu d'un système d'intelligence artificielle et spécialisé dans les missions diplomatiques et humanitaires. Pourtant son commandant, Gaheris Rhade, décide de mener une expédition punitive contre des vaisseaux nietzschéens. Le capitaine Dylan Hunt est chargé de superviser l'assaut. Mais ce dernier comprend rapidement que cette mission est un guet-apens mortel. Son seul refuge est un trou noir dans lequel il s'engouffre pour y rester prisonnier pendant 300 ans. A sa sortie, il est secouru par l'équipage du navire Eureka Maru, spécialisé dans la récupération d'épaves spatiales...