14 février 2154. Alors qu'ils arrivent en vue de la Terre, Archer, Hoshi, Reed et une petite équipe, avec l'aide des Xindis arboricoles et humanoïdes, continuent leur course contre la montre pour intercepter la super arme en cours de charge et la désarmer de l'intérieur du vaisseau reptilien. Pendant ce temps, T'Pol et l'Enterprise tentent de désactiver une Sphère clé dans le but de mettre à jour les constructeurs interdimensionnels. Mais dans un ultime retournement, ces derniers renversent le cours de l'Histoire...