Dans le port de San Diego, un voilier dans lequel gisent les cadavres de deux ex-militaires tués par balles, s'approche d'un navire de guerre de la Navy. L'esquif appartenait à Gibbs, avant qu'il ne l'offre à son mentor, Mike Franks. Alerté par l'armée, le NCIS se voit obligé de soupçonner Franks, qui, depuis, a disparu avec sa belle-fille et sa petite-fille et n'est plus reparu dans sa maison mexicaine.