Peu de temps après la défaite du premier jour de Callaghan et Hiro à l'Institut de Technologie de San Fransokyo, Hiro découvre la puce de personnalité de Baymax et reconstruit son squelette. Pendant ce temps, Fred essaie de convaincre le groupe réticent de retourner à la lutte contre le crime comme l'équipe de super-héros Big Hero 6. Yama est embauché par le mystérieux Obake pour voler un presse-papiers inhabituel du professeur Granville, le nouveau doyen de la SFIT. Hiro se précipite le processus de reconstruction et le squelette s'échappe et est capturé par Yama et son équipage. Yama pousse Hiro à récupérer le presse-papiers en échange du squelette.