2018-ban járunk. A Föld felszínének nagy részét már elöntötte a tenger. Nathan Bridger, a SeaQuest tengeralattjáró kapitánya, maga tervezte a speciális, 1000 láb hosszú gépezetet, és csapata segítségével a tenger alatti világot igyekszik felfedezni. A szárazföld hiányában az emberiség a tenger alatti világot kénytelen meghódítani. Kifejlesztik a víz alatti farmgazdálkodást, nyersanyagkitermelést és feldolgozást. A tengeralattjáró feladata tenger alatti kolóniák kialakítása és védelme, új lehetséges lakóhelyek felfedezése.