House irrita Cuddy quando lascia intendere che, in un ospedale, due neonati malati equivalgono a un'epidemia. Le cose peggiorano quando si scopre che potrebbe aver ragione. I piccoli sono messi in quarantena e il reparto di neonatologia viene chiuso. Cuddy fa disinfettare l'ospedale e House discute il suo piano con Cameron e gli altri: sacrificare un bambino per il bene di tutti gli altri.