Phineas e Ferb riparano una vecchia macchina del tempo malridotta. L'esperimento riesce e i due, insieme alla loro sorellina si ritrovano bloccati nella preistoria. Grazie all'aiuto della brillante Isabella, riusciranno a tornare nel presente. Nel frattempo Doofenshmirtz si ritrova ad avere un nuovo nemico, l'agente Panda, che sostituisce definitivamente l'agente P, causando però nel tenero ornitorinco un momento di depressione.