Dopo il colpo di scena del finale dell'ultima stagione troviamo, 3 mesi dopo, Booth in carcere in attesa di un processo. Sarà Bones a trovare il modo per farlo uscire. La squadra è di nuovo al completo e sono pronti a scoprire cosa sia realmente successo e chi è il responsabile iniziando dalla riesumazione di un corpo. Facciamo la conoscenza di un nuovo agente dell'FBI James Aubrey (John Boyd).