Durante una spedizione su un pianeta abitato da contadini, la squadra scopre una copia esatta di Atlantide seppellita nel sottosuolo. Il pianeta è governato dal 'Protettore' che usa la tecnologia degli Antichi per tenere alla larga i Wraith e allo stesso tempo schiavizzare i cittadini. Il Protettore è gravemente malato e Sheppard si ritrova invischiato nelle trame di corte dei vari successori al trono.