Sono trascorsi dieci anni dai primi incontri ravvicinati con alieni ostili giunti sulla Terra. L'ex colonnello dell'Aeronautica inglese Ed Straker prende il comando della S.H.A.D.O. un'organizzazione segreta destinata a intercettare e distruggere gli UFO. Straker affida al Colonnello Freeman l'incarico di recarsi a Los Angeles per supervisionare il trasporto di un rivoluzionario sistema di rilevazione degli UFO. Durante il volo viene segnalato il rapido avvicinamento di un veicolo spaziale nemico, sfuggito agli intercettori lunari…