Una volta prigioniero di Arakenimon e Mummymon, Ken scopre che i due Digimon sono comandati da un essere umano, Yukio Oikawa, ex collega di suo padre, che gli rivela di essere a conoscenza della fonte dei suoi guai. È il Seme delle Tenebre, impiantato nel suo corpo durante il suo primo viaggio a Digiworld. Il Seme delle Tenebre è un insieme di dati che migliorano le facoltà fisiche e intellettive di chi lo possiede, ma lo trasforma in un essere senza scrupoli, come Ken, che in questo modo è diventato l'Imperatore Digimon. Oikawa trasferisce il seme da Ken agli altri bambini, che vogliono diventare bravi in tutto proprio come il loro eroe. Intanto, Shukkoumon e Silphymon combattono e sconfiggono dopo varie peripezie rispettivamente MarineDevimon e LadyDevimon. Davis raggiunge Ken e i nemici, i quali vengono fermati dall'arrivo di Demon, desideroso anch'egli di entrare in possesso del Seme delle Tenebre per i suoi scopi.