Gli X-Files sono stati chiusi, Mulder e Scully separati. Scully insegna all'Accademia dell'FBI mentre Mulder è assegnato al servizio di sorveglianza. Con l'agente Alex Krycek come partner e il misterioso X come fonte d'informazioni, Mulder ricerca la verità. Ma è Scully ad avere l'incontro ravvicinato che Mulder ha desiderato, facendo un viaggio che li riunirà e li renderà più vicini che mai.