Takato e Guilmon stanno per sconfiggere un DarkRizamon quando Yamaki arriva e lo cattura. Tornato a Hypnos, lui ed i suoi sottoposti scannerizzano i dati del Digimon, distruggendolo, ma ora consapevoli di cosa siano fatti i Digimon. Grazie a questa nuova conoscenza, Yamaki si prepara a lanciare il pericoloso programma Shaggai per eliminare i Digimon di tutto il mondo.