보충수업을 끝내고 학교에서 돌아온 토우마는 자기 집 앞에 청소 로봇들이 모여 있는 것을 발견한다. 청소 로봇들의 행동에 의심을 품고 집 앞에 다가온 토우마는 낮에 자신의 집 베란다에 널브러져 있던 수녀님, 인덱스가 피투성이가 된 채 정신을 잃고 쓰러져 있는 걸 발견한다. 그녀를 그렇게 만든 것은 그녀를 회수하려고 쫓아왔다는 마술사의 짓으로 보이는데... 인덱스에게 말을 거는 토우마 앞에 나타난 건 빨간 머리에 눈 밑의 바코드, 검은 수도복을 입은 장신의 외모 특징을 가진 젊은 마술사의 이름은 스테일마그누스였다. 그는 인덱스를 데리고 가려는 자신을 막아서는 토우마를 향해 갑자기 룬 마술을 쓰는데... 그러자 불꽃의 모습을 띠는 '마녀 사냥의 왕(이노켄티우스)' 이 나타나고 토우마는 이 '이노켄티우스'의 습격을 받아 절체절명의 위기에 놓인다. 그러던 중, 그런 토우마를 향해 의식을 잃었던 인덱스가 갑자기 눈을 뜨고는 이상한 말을 하기 시작하는데...토우마는 과연 인덱스를 데리고 가려는 스테일을 물리치고 인덱스를 지켜낼 수 있을까?