De seizoensopener 'Red Rain' zet de actie voort uit de finale van vorig seizoen, toen Anna Red Sky op de planeet losliet. Met de wereld op de rand van oorlog en chaos rondom, is er iemand die het kan opnemen tegen Anna? Ondertussen zit Ryan in isolatie op het moederschip, weg van zijn hybride baby, zodat Anna op haar kan experimenteren; Chad, die verlossing zoekt omdat hij door Anna is gebruikt, wil nu vechten met de Vijfde Colonne; en Erica gaat op reis om een wetenschapper te vinden die haar de antwoorden kan geven op wat Red Sky is, en waar ze het gruwelijke geheim ontdekt van wat de V's op onze planeet doen.