In de verre toekomst is de aarde zeer technisch en is de ruimtevaart goed ontwikkeld. Maar mensen zijn lui, egoïstisch en lui geworden. Een computer bepaalt wie welke waarde heeft in de samenleving. De weinigen die zich hiertegen verzetten en de mensheid zonder eigen initiatief zien aftakelen, worden als onruststokers bestreden. Zo ook kapitein Harlock, die als piraat problemen veroorzaakt met zijn ruimteschip Arcadia. Zijn bemanning bestaat uit navigator en wetenschapper Kei Yūki (有紀 蛍), alien Mīme (ミーメ), eerste stuurman en modelbouwfreak Yattaran, scheepsarts Dr. Zero en vele anderen die afscheid hebben genomen van hun oude leven op aarde.