A segunda temporada, ainda mais intensa e insana, encontra os The Boys em fuga da lei, sendo caçados pelos Supes, e desesperadamente a tentar reorganizar-se e lutar contra a Vought. Escondidos, Hughie, Mother’s Milk, Frenchie e Kimiko tentam ajustar-se a uma nova normalidade, com Butcher desaparecido. Entretanto, Starlight tem de navegar a sua posição nos Seven, enquanto Homelander se foca em tomar o controlo total. O seu poder é ameaçado com a chegada de Stormfront, uma nova Super perita em redes sociais, que tem a sua própria agenda. Além disso, a ameaça dos Supervilões ganha destaque e agita as águas, enquanto a Vought procura capitalizar na paranoia da nação.