21世纪初,日本的首都东京被外部入侵者Mu(读作"moo")用半圆形的障壁与外界隔绝,身处障壁外部的人称该障壁为"Tokyo Jupiter"(因障壁的外观酷似木星),身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后,居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中,遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中,遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”,并在她的引导之下,到了一座地下神殿。此时,东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”,并与绫人产生了“共鸣”,使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中,绫人说了一声“RahXephon”。然后,神殿内的“巨人”觉醒了……