旅途中,在森林里享用午餐的小智他们,遇见带著「小鼠宝可梦」皮丘与「鼠宝可梦」雷丘的少年──阿庄。突然间,阿庄误以为小智的皮卡丘是野生的宝可梦,为了要收服它而打算以雷丘进行对战。阿庄好像是想要培育最强的皮丘、皮卡丘、雷丘进化组合的样子。 小智与皮卡丘在明白状况之後,与阿庄进行了对战,但是受到雷丘活用体格的「破坏死光」而被打败。随後,陷入濒死状态的皮卡丘在宝可梦中心接受治疗後,总算是恢复了意识,而他一醒来就拼命的向小智表达想与雷丘进行复仇战的意志。但是,认为保持现状无法赢过雷丘的小智,拿出了某样道具!