Обикаляйки из системата Лантеан, майор Джон Шепард, Родни МакКей и двама учени намират Призрачен кораб, който е катастрофирал и се е приземил на планетата преди 10 хиляди години, по време на войната между Атлантис и Призраците. Докато го разследват, екипът откриват, че те всъщност не са сами, тъй като един призрак е оцелял и все още е жив, но изпраща и SOS сигнал.