In einem geheimen Labor gerät ein Experiment von Orochimaru und Kabuto außer Kontrolle und die beiden müssen fliehen. Als Pain und Itachi das Labor entdecken, bringen sie das Ergebnis des Experiments unter ihre Kontrolle und schicken es nach Konoha, um damit den Kyubi zu stehlen. Dort muss Naruto feststellen, dass es sich bei dem Experiment um eine mechanische Version von ihm selbst handelt …