Auf ihrem Weg nach Rayono City besuchen Ash und seine Freunde Professor Esche und Dr. Vivian. Vivian ist gerade dabei, ihre unglaubliche Pokémon-Wiederherstellungsmaschine in Gang zu setzen, um aus einem Federfossil das Ur-Pokémon Flapterix wiederherzustellen. Das Experiment ist ein voller Erfolg! Das wiederhergestellte Flapteryx ist zwar erst einmal sehr durcheinander, nachdem es sich beruhigt hat, stellt sich heraus, dass Flapteryx, der Vorfahre aller Flug-Pokémon, gar nicht fliegen kann. Währenddessen reißt sich Team Rocket die Computerdaten der Pokémon-Wiederherstellungsmaschine unter den Nagel. Werden Ash und seine Freunde dem Ur-Pokémon das Fliegen beibringen können und Team Rockets Plan vereiteln?