Han pasado varios meses desde el episodio anterior y todos se están ajustando a ciertas nuevas circunstancias en su vida. Michael Vaughn ha tenido que pasar por una severa comisión psiquiátrica tras asesinar a su esposa y, más tarde, reducir su casa a cenizas. Está considerando dejar la CIA, otra vez. La propia Nadia ha abandonado la vida de espía y vive en Argentina. Inundados por burocracia y bajo el constante escrutinio público, la CIA, al mando de la directora Hayden Chase, decide poner en marcha una rama secreta que haga el trabajo a su manera, un nuevo SD-6, esta vez del lado de los buenos. Para ello, hace que Vaughn, Jack, Dixon y Sydney abandonden oficialmente la agencia para que puedan integrarse en esta nueva rama. La sorpresa llega cuando descubren que su nuevo jefe será el mismísimo Arvin Sloane, que ha creado la nueva rama, llamada Solo Personal Autorizado (APO), gracias a un nuevo acuerdo con el gobierno. Sydney no está precisamente emocionada por este nuevo revés, pero sabe que la única manera de atar corto a Sloane es trabajar junto a él, y de eso trata su nueva misión: vigilar a Sloane y, si es necesario, neutralizarle.