Después de los eventos de Danganronpa 2: Goodbye Despair, Makoto Naegi, la última esperanza, y sus compañeros de antiguos compañeros de clase, Kyoko Kirigiri, Aoi Asahina, y Yasuhiro Hagakure, se unen a una sucursal en el extranjero de la Academia abandonado el Pico de la Esperanza, donde los miembros superiores de la Fundación Futuro se ensamblan. A su llegada, el vicepresidente Kyosuke Munakata pone a Makoto bajo arresto, acusándolo de traición por albergar a los Remnants of Despair; aquellos que continuaron los malos deseos de la Máxima Desesperación, Junko Enoshima, después de su muerte. En ese momento, la instalación es atacada por un misil, cortando todas las salidas y atrapando a Yasuhiro en el exterior, antes de que una ronda de gas para dormir deje inconscientes a todos los demás.