La police de Los Angeles demande de l'aide au NCIS après la mort de trois membres d'un cartel mexicain survenu au cours d'un raid. L'un d'eux est identifié comme appartenant à une branche d'al-Qaida. Les membres de l'équipe doivent trouver de quelle manière les deux organisations terroristes sont liées. Leur action est freinée par l'intervention inopinée d'une commissaire de police mexicaine en quête de vengeance.