Egy repülőgépen az összes utas meghal, pedig a robotpilóta a gépet épségben lehozza Boston repterén. Biológiai terrorizmusra gyanakszanak. A helyszínre érkező Olivia Dunham fiatal FBI-ügynöknő társa is megbetegszik, Olivia pedig mindent megtesz, hogy megmentse. Nyomozásba kezd, és így jut el dr. Walter Bishophoz, egy zseniális, de elmegyógyintézetben élő tudóshoz, aki segíthet Olivia társán. Mivel csak családtag látogathatja a tudóst, ezért felkutatják annak fiát, Peter Bishopot. Mivel Olivia társa épp kómában van, természetesen az apjától örökölt szuper aggyal megáldott Peter Bishoppal nyomoz tovább, és már az első, dupla epizódban rájönnek, hogy a gépen történt furcsa események csak a jéghegy csúcsát jelentik, egy óriási összeesküvés fenyegeti a világot.