Weiss rintraccia Vaughn che è stato colpito da Sydney. Walker scambia l'arma biologica con Sark in anticipo. Jack incontra Walker per saperne di più su Sydney ma viene scoperto. Syd e Marshall vanno in missione a Osaka per disabilitare un virus. Sark aiuta Kazari Bomani a vendicarsi dei torti subiti da Arvin Sloane.