Dalla Terra arrivano rinforzi per aiutare gli abitanti di Atlantide e i militari prendono controllo della città per prepararsi al conflitto imminente con i Wraith. Purtroppo la difesa subisce duri attacchi dai nemici e Elizabeth chiede un colloquio con il leader degli Genii per ottenere due testate nucleari da usare con i puddle jumper contro le navi Alveari.