Per sconfiggere i Replicanti, il team di Atlantide è costretto a formare un'alleanza con i Wraith. Con l'aiuto di uno scienziato Wraith che ha offerto la sua collaborazione, Sheppard e gli altri partono in missione per ottenere la partecipazione di navi Alveari. Nel frattempo a bordo della Daedalus, Carter parla con il Colonnello Caldwell e ammette di sentire la mancanza delle missioni sul campo con l'SG-1.