A Mulder e Scully non viene riassegnato l'incarico e le investigazioni sugli X-Files passano a due nuovi agenti: Jeffrey Spender e Diana Fowley. Cassandra Spender informa Mulder e Scully che una razza aliena viaggia nell'universo, colonizzando altri pianeti; la Terra fa parte del loro piano. Mulder delira dopo aver esaminato un reperto sfricano e viene ricoverato in ospedale.