Terwijl Lysandre’s pogingen om de macht over Lumiose City doorgaan, doen onze helden er alles aan om hem te verslaan. Ash en zijn Pokémon zijn gevangen, maar als Alain zich realiseert dat zijn werk met Lysandre tot deze ramp heeft geleid, schiet hij ze te hulp en bevrijdt ze. Ash en Alain dagen Lysandre voor een gevecht uit! Gompie, die is veranderd in de Legendarische Pokémon Zygarde, probeert nog steeds tot Team Flare’s Zygarde door te dringen, maar tot grote schrik van Bonnie, heeft Team Flare Gompie al snel in hun macht! Het lot van de wereld staat op het spel – wie zal zegevieren?