Atlantída je pod vedením Antikov. V meste sa nachádza aj gén. O'Neill a Richard Woolsey z I.O.A., ktorí majú s Antikmi vyjednávať. Lenže mesto je napadnuté replikátormi. Tím pplk. Shepparda spoločne s dr. Weirovou a dr. Beckettom sa aj napriek zákazu SGC vracia jumperom pomocou medzigalaktického mosta späť na Atlantídu. McKay dostane nápad, ako replikátorov v Atlantíde zlikvidovať. Chce využiť Niama - replikátora, ktorý sa pohybuje na obežnej dráhe.