Plukovník Abe Ellis prilieta na Atlantídu s novou pozemskou loďou Apollo. Zaobstarali totiž zábery rozostavaných replikátorských lodí, ktoré sa určite pripravujú k útoku na Atlantídu. V tom sa im musí zabrániť, a tak je naplánovaný útok jadrovými bombami. Ten je úspešný, lenže potom na orbite planéty, kde je stratené mesto Atlantída, prilieta satelit, ktorý má aj hviezdnu bránu. Tá sa aktivuje a skrz ňu je na Atlantídu vyslaný silný energetický lúč. Mesto okamžite aktivuje štíty, tie ale nevydržia večne...